Curs de Bioinformàtica per a la Recerca Biomèdica

Vall d'Hebron

Informació del curs

Objectius


La recerca biomèdica moderna necessita sovint fer servir informació de diverses menes; per exemple sobre estructures, seqüències, anotacions o funcions de diferents tipus d'entitats i components biològics. Molta d’aquesta informació es troba disponible en bases de dades públiques i el domini de les eines per accedir-hi i recuperar-ne la informació necessària és una habilitat cada cop més imprescindible entre els investigadors en biomedicina. L'objectiu principal d'aquests curs és proporcionar una perspectiva general dels principals recursos bioinformàtics que poden resultar d'utilitat en el dia a dia de la recerca biomèdica o la pràctica clínica. El seu enfoc és aplicat i el que es persegueix és dotar als investigadors i professionals de la biomedicina de conceptes i eines per saber quan -i com- cal fer servir cadascun d’aquests recursos, o quan és millor buscar suport més especialitzat.

Metodología

L'aplicació dels conceptes i tècniques presentats al llarg del curs es durà a terme consultant bases de dades i navegadors genòmics online, però també emprant eines específiques, com Galaxy o R i Rstudio, ja instal·lades als ordinadors de l'aula.

Professorat

El curs està organitzat per la Unitat d'Estadística i Bioinformàtica (UEB) del Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR). El curs serà impartit pel cap de la UEB, el Dr. Álex Sánchez, doctor en Estadística, màster en Bioinformàtica i professor titular del departament de Genètica, Microbiologia i Estadística de la Universitat de Barcelona, i per membres de la UEB, el Dr. Ricardo Gonzalo, doctor en Biologia molecular i PG en Bioestadística, i la Dra. Mireia Ferrer, doctora en Biomedicina i Màster en Bioestadística i Bioinformàtica.

Continguts del curs

  • Sessió 1: Introducció a la bioinformàtica i a les bases de dades en biologia molecular
  • Sessió 2: Introducció a les tecnologies de ‘next generation sequencing’ (NGS). Treballant amb dades de NGS. Primeres passes
  • Sessió 3: Introducció a l’anàlisis de dades òmiques. Anàlisis de dades de RNAseq amb R i Bioconductor
  • Sessió 4: Després de la selecció de gens: Anàlisis de significació biològica
  • Sessió 5: Cerca de variants minoritàries

Dates i localització

El curs té una durada de 20 hores i consisteix en cinc sessions de quatre hores. Les sessions es faran els dies 19, 21, 26, 28 de novembre i 3 de desembre de 2018, de 9 a 13:20h a l'aula d’informàtica del Mòdul Sud de la Facultat de Medicina (Pavelló Docent) de l'Hospital Universitari Vall d'Hebron.


Materials del curs

Sessió 1.0 : Presentació del curs

  1. Presentació del curs

Sessió 1.1 : Introducció a la bioinformàtica

  1. Introducció a la Bionformàtica

Sessió 1.2: Bases de dades en biologia molecular. Cerca i consulta d’informació

  1. Introducció a les Bases de Dades

Sessió 2.1: Introducció a les tecnologies de ‘next generation sequencing’ (NGS)

  1. Introducció a la tecnologia de NGS

Sessió 2.2: Treballant amb dades de NGS. Primeres passes

  1. Primeres passes anàlisi NGS amb Galaxy

Sessió 3.1: Anàlisis de significació biològica. Mètodes per a l’anàlisi de llistes de gens

  1. Introduction to pathway analysis

Sessió 3.2: Eines per a l'anàlisi de significació biològica

  1. Gene Enrichment Analysis with g:Profiler
  2. mesenvsimmuno_mesenonly_RNAseq_gprofiler.txt

Sessió 4.1: Introducció a l’anàlisis de dades òmiques.

  1. R, Bioconductor, Dades Òmiques i RNAseq

Sessió 4.2: Anàlisis de dades de RNAseq amb R i Bioconductor

  1. Codi R per anàlisi de RNAseq

Sessió 5.1: Cerca de variants minoritàries. Pipelines per a la identificació i anotació de variants.

  1. Introducció a l'anàlisi de Variants

Sessió 5.2: Anàlisi de variants amb Galaxy

  1. Pràctiques amb Galaxy
  2. Introducció a Gemini
  3. Dades 1
  4. Dades 2


Enquesta de satisfacció del curs

  • Enquesta de satisfacció del curs Bioinformàtica 2018