Curs de Bioinformàtica per a la Recerca Biomèdica

Vall d'Hebron

Informació del curs

Objectius


La recerca biomèdica moderna necessita sovint fer servir informació de diverses menes; per exemple sobre estructures, seqüències, anotacions o funcions de diferents tipus d'entitats i components biològics. Molta d’aquesta informació es troba disponible en bases de dades públiques i el domini de les eines per accedir-hi i recuperar-ne la informació necessària és una habilitat cada cop més imprescindible entre els investigadors en biomedicina. L'objectiu principal d'aquests curs és proporcionar una perspectiva general dels principals recursos bioinformàtics que poden resultar d'utilitat en el dia a dia de la recerca biomèdica o la pràctica clínica. El seu enfoc és aplicat i el que es persegueix és dotar als investigadors i professionals de la biomedicina de conceptes i eines per saber quan -i com- cal fer servir cadascun d’aquests recursos, o quan és millor buscar suport més especialitzat.

Metodología

L'aplicació dels conceptes i tècniques presentats al llarg del curs es durà a terme consultant bases de dades i navegadors genòmics online, però també emprant eines específiques, com Galaxy o R i Rstudio.

Professorat

El curs està organitzat per la Unitat d'Estadística i Bioinformàtica (UEB) del Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR). El curs serà impartit pel cap de la UEB, el Dr. Álex Sánchez, doctor en Estadística, màster en Bioinformàtica i professor titular del departament de Genètica, Microbiologia i Estadística de la Universitat de Barcelona, i per membres de la UEB, el Dr. Ricardo Gonzalo, doctor en Biologia molecular i Màster en Bioinformàtica i Bioestadística, la Dra. Mireia Ferrer, doctora en Biomedicina i Màster en Bioestadística i Bioinformàtica, la Dra. Berta Miró, doctora en Biologia i Màster en Bioestadística i Bioinformàtica i Àngel Blanco, llicenciat en Biologia.

Continguts del curs

  • Introducció a la Bioinformàtica i a les bases de dades en biologia molecular
  • Introducció a les tecnologies de ‘next generation sequencing’. Treballant amb dades de NGS. Primeres passes
  • Anàlisis de dades en Bioinformàtica
  • Cas pràctic I: Anàlisi de variants amb Galaxy
  • Cas pràctic II: Anàlisis de dades de RNAseq amb R i Bioconductor
  • Després de la selecció de gens: Anàlisis de significació biològica

Dates i horaris

El curs té una durada de 20 hores i consisteix en 10 sessions de 2 hores. Les sessions es faran els dies 16, 18, 23, 25, 30 de novembre i 01, 07, 09, 14, 16 de desembre 2020, de 9 a 11:00 h, fent servir l’eina Microsoft Teams.


Materials del curs

Sessió 1.0 : Presentació del curs

Sessió 1.1 : Introducció a la Bioinformàtica

Sessió 1.2 : Introducció a R (I)

Sessió 2.1: Introducció a R (II)

Sessió 2.2: Bases de dades en Biologia Molecular

Sessió 3: Repositoris de dades òmiques i Navegadors Genòmics

Sessió 4.1: Introducció i aplicacions a les tecnologies de ‘next generation sequencing’

Sessió 4.2: Introducció a Galaxy

Sessió 5.1: Introducció a l'anàlisi de variants

Sessió 5.2: Preprocessat de seqüències amb Galaxy

Sessió 6: Cas pràctic 1: Anàlisi de variants amb Galaxy

Sessió 7.1: Anàlisi de dades òmiques

Sessió 7.2: Conceptes importants en l'anàlisi de dades de RNAseq

Sessió 8: Cas pràctic 2: Anàlisi de dades de RNAseq

Sessió 9: Anàlisi de significació de biològica (I): Mètodes

Sessió 10: Anàlisi de significació de biològica (II): Eines i Pràctiques

Sessió 10: Anàlisi de significació biològica (II): Eines

Enllaços i referències interessants

R and Rstudio

Enllaços interessants

Tutorials